Znanstveniki so ravno napovedali odkritje novega, neverjetnega pogost virus, ki živi znotraj človeka črevesne bakterije. Ime je dobil “crAssphage” in pri skoraj šestih krat pogostejši od vseh ostalih bakterijskih virusov skupaj. Kako pa nam je uspelo, da ga nismo toliko opazili čas?
Fotografija iz odprtih virov
Razlog, da še nismo našli crAssphagea, je da nismo vedeli, da ga moramo iskati. To je tisto, kar je pomeni.
Medtem ko novih tehnologij zaporedja postaja vse več hitro in poceni, imajo še vedno eno slabost: oni dobro za odkrivanje stvari, za katere že vemo, da obstajajo vendar so slabo primerne za iskanje novih organizmov. Kdaj raziskovalci preučujejo organski vzorec, iz katerega dobijo juho Odlomki DNK vseh živih bitij, povezanih s tem vzorec – bakterije, virusi in človek sam. Potem so ti drobci moramo biti sestavljeni v zaporedju, ki ga lahko prepoznati. Če najdemo verigo, specifično za genom nekatere bakterije – to pomeni, da smo v vzorcu našli to bakterijo.
Težava je v tem, da če še ne vemo sekvence neznanega nam virusa – ne moremo zaznati s to tehniko. A v resnici je avtor novega Raziskave crAssphage Bas Datil poročajo, da so skoraj neznane 75 odstotkov zaporedja DNK v vzorcih, ki so jih preučevali.
Ekipi Datila je uspelo najti nov virus s pomočjo povsem drugega pristop, ki temelji na preprosti ideji: fragmente, ki se zgodijo najdemo v istem vzorcu, z veliko mero verjetnosti so deli enega samega genoma. Tako so uporabili tehniko imenovano navzkrižno sestavljanje za identifikacijo ene take skupine ponavljajoče sekvence v vzorcih, odvzetih od 12 oseb. Nato so te sekvence zbrali v en sam genom.
In dobili so točno to: virus crAssphage, poimenovan po njem tehnika križnega sestavljanja, ki je privedla do njegovega odkritje. Ugotovili so, da crAssphage živi znotraj Bacteroides – skupna skupina bakterij, ki živijo v našem črevesju.
Kot rezultat raziskav je ekipa našla crAssphage v 75% črevesne sekvence ljudi v ZDA, Evropi in Južni Koreji. Mi smo dokler ne vemo, kaj točno ti fagi počnejo v našem črevesju, ampak oni vsekakor igrajo vlogo pri našem črevesnem mikrobiotu ekosistema.
In na koncu še zanimivo dejstvo: znanstveniki so to izračunali pri nas telo ima približno 100-krat več virusnih delcev kot dejansko človeške celice. Torej imamo še veliko dela. ugotovite, kaj v resnici smo.
DNA virusi
