Raziskovalci so v genski kodi koronavirusa SARS-CoV-2 odkrili skrivnostni gen, segment, ki je v genomu virusa skoraj skrit pred očmi in še vedno spregledan.
Nedavno identificirani gen – ORF3d – je primer tistega, kar imenujemo prekrivajoči se gen: nekakšen “gen znotraj gena”, ki se dejansko skrije v verigo nukleotidov, ker prekriva kodirana zaporedja drugih genov.
“Glede velikosti genoma so SARS-CoV-2 in njegovi sorodniki med najdaljšimi virusi RNA, ki obstajajo,” pojasnjuje bioinformatist Chase Nelson iz Ameriškega muzeja naravne zgodovine.
“Tako so bolj dovzetni za” genomske trike “kot drugi virusi RNA.”
Dejansko so virusi zelo nagnjeni k prekrivanju genov, zato to ni ravno presenetljivo odkritje. Treba je še ugotoviti, ali je ORF3d res genomska potegavščina, vendar je vsekakor težko videti.
Prekrivajoče se gene je težko prepoznati v genskih zaporedjih, ker jih lahko genomski skenirni sistemi pri preskakovanju vrstic genetske kode pogosto preskočijo: programirani so za izbiro posameznih genov, ni pa nujno videti splošnih navodil, ki so skupna nukleotidom sosednjih genov v zaporedju.
Elektronska mikrofotografija virusnih delcev SARS-CoV-2. (NIAID).
V kontekstu virusov, kot je SARS-CoV-2, lahko to ustvari resno slepo pego. Znanstveniki si od začetka tega leta prizadevajo, da bi čim bolj razumeli ta uničujoči virus, in čeprav so bili nekateri vidiki njegove genske strukture razjasnjeni (vključno s trdnim prepričanjem, da ni bil “ustvarjen v laboratoriju”), še veliko tega preprosto ne vemo. .
“Prekrivajoči se geni so lahko eden od arzenalov načinov, kako so se koronavirusi razvili, da se učinkovito razmnožujejo, spodkopavajo imunost gostitelja ali se prenašajo.”
Kar se tiče ORF3d, se je treba še veliko naučiti, zakaj obstaja, se skriva v genomu in prekriva druge gene.
Ena stvar, ki jo zagotovo vemo o skrivnostnem genu, ki temelji na prejšnjih preiskavah krvi bolnikov s COVID-19, je, da ORF3d sproži močan odziv protiteles.
“Njegove funkcije in kliničnega pomena še ne poznamo,” pravi Nelson.
»Toda predvidevamo, da je malo verjetno, da bi ta gen odkril T-celični odziv, v nasprotju z odzivom protiteles. In morda je to povezano s tem, kako je gen lahko nastal. '
Eno je gotovo. Za virus, ki ima le približno 15 znanih genov, je odkritje še enega, kaj šele prekrivajočega se gena, pomemben napredek. Kako pomembni bodo zdaj poskusili izvedeti znanstveniki.
O rezultatih poročajo eLife.
